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接種預防疫苗是最有效的健康投資，尤其新生兒、老人以及抵抗力較弱的人，更是需要疫苗的保護。目前，國家已經先編列了8億元的國家疫苗基金，投入疫苗的推動，今年，已經針對國小一年級新生導入減量新型百日咳疫苗，與5歲以下高危險族群的肺炎鏈球菌疫苗；2010年將加入0~18個月的五合一疫苗；之後會再加入幼兒及老人的肺炎鏈球菌疫苗。

根據衛生署表示，目前公費疫苗約有8種，現行8種公費疫苗是最基本的預防，但是還有多種易受到傳染，或傳染後容易引發嚴重併發症的疾病，並沒有被納入公費疫苗中。有些重要的疫苗不在公費給付的行列中，很容易受到家長的忽略，像是肺炎鏈球、輪狀病毒、A型肝炎疫苗、子宮頸疫苗…等，基於上述的理言，國家有必要積極推動更多的公費疫苗。

目前政府所提供的公費混合疫苗為「傳統三合一」疫苗，但因為一般注射此疫苗的嬰幼兒，平均每330人中有1人會發燒到攝氏40度以上，反應較為激烈，也因此有許多家長願意多花一些錢，讓寶寶施打其他的新型混合疫苗，以避免出現如此激烈的注射反應。父母自掏腰包替寶寶選擇新型自費疫苗，形成雙重支出的現象。

目前公費疫苗中九包含了卡介苗、B型肝炎疫苗、傳統三合一疫苗、小兒麻痺、水痘、MMR疫苗(麻疹、德國麻疹、腮腺炎)、日本腦炎疫苗、流感疫苗等。今年政府已經針對國小一年級學生導入「減量新型百日咳疫苗」，但是國小其他年級、國中及高中的學生族群，都應該要補打百日咳疫苗，因為在嬰幼兒時期所施打的百日咳疫苗效用，大約只能維持5~10年的時間。家中若有學齡兒童或是青少年可至各醫療院所諮詢及自費追加接種此種新型百日咳疫苗。